Shirô Emiya a fait son choix : continuer à se battre et protéger Sakura Matô. En raison de la participation de Zôken Matô à la Guerre du Graal, et de l'invocation du Véritable Assassin, son Servant, les choses commencent à se déformer, s'aggravant de jour en jour. Résolu à protéger Sakura et à ne pas la trahir, Shirô refuse de quitter la bataille. Tandis que Sakura s'inquiète pour lui, elle se retrouve également empêtrée dans son propre destin de mage. Cependant, leurs fervents souhaits sont sur le point d'être écrasés par la mystérieuse Ombre noire qui recouvre la ville, tuant Masters et Servants les uns après les autres...