Ère Cosmique, année 70.
L'humanité est divisée en deux camps: les Coordinateurs, génétiquement améliorés, et les humains "Naturels" non modifiés. Alors que la plupart des Naturels vivent sur Terre, les Coordinateurs se sont réfugiés dans l'espace suite à une terrible répression.
Dans la colonie spatiale d'Héliopolis, réputée neutre, le jeune Kira Yamato voit le cours de sa vie changer à jamais lorsqu'un commando de ZAFT, l'armée des Coordinateurs, lance une attaque dévastatrice. Propulsé aux commandes d'un prototype de Mobile Suit développé secrètement sur la colonie pour les Forces Terriennes, Kira défendra coûte que coûte ses amis. Mais étant lui-même génétiquement amélioré, il devra désormais affronter ses pairs, ainsi que son meilleur ami d'enfance, Asran !