En l'an 2312, quatre années après l'anéantissement de Celestial Being par les Nations Unies, la plupart des pays du monde ont été unifiés sous l'égide de la Fédération Terrienne. Mais le monde demeure parsemé de conflits, et une force autonome de maintien de la paix agissant sous le nom de A-LAWS a recours à l'usage de la force, notamment d'automates meurtriers, afin de supprimer toute résistance au gouvernement fédéral.
Le moment est venu pour les Gundam Meisters de faire leur retour. Leur objectif sera d'écraser cette terrible force d'oppression agissant à échelle mondiale. Setsuna réapparaît avec son Gundam en lambeaux et s'associe à Tieria qui, à l'aide de Celestial Being, tente de créer une nouvelle série de Mobile Suits Gundam. Toutes deux tentent de recruter un nouveau membre et de sauver l'un des leurs tandis qu'une nouvelle machine révolutionnaire appelée Gundam 00 est sur le point de voir le jour…