Un mois a passé depuis que Sword Art Online a été coupé du monde. Pour dix mille joueurs, toute mort en jeu entraîne inévitablement un décès dans le monde réel.

Après avoir terminé le premier palier, Asuna et Kirito continuent l'aventure ensemble, un seul objectif en ligne de mire : vaincre le boss du dernier palier et en finir avec ce jeu macabre. Mais un nouveau péril menace les joueurs. Deux guildes s'engagent à terminer le jeu et certaines tensions s'installent malgré leur objectif commun.
Alors qu'un nouveau genre de conflit menace les joueurs, Asuna et Kirito devront régler la situation avant que le pire n'advienne. Car sans unité, jamais les joueurs ne pourront terminer l'Aincrad et retrouver le monde extérieur...