Un an avant l'arrivée des Zentradi sur Terre, Macross Zero est la chronique d'un conflit clé entre l'UNF et les anti-U.N. pendant la Guerre d'Unification.
Après avoir été abattu par un Variable Fighter des anti-U.N., le pilote Shin Kudo se retrouve sur l'île isolée de Mayan, où la technologie est presque inexistante. Alors que Shin reste sur l'île pour soigner ses blessures, la tranquillité de l'île est bouleversée par une bataille impliquant le tout nouveau Variable Fighter de l'UNF, le VF-0 Phoenix.