Une attaque terroriste est commise en banlieue de Newport City avec l’explosion d’un avion de ligne. Le principal suspect est un criminel surnommé « le Pyromane ». On lui attribue aussi la diffusion de «Fire Starter », un impressionnant virus capable de manipuler les personnes dotées d’un cyber-cerveau dont le but est de faire basculer le monde entier dans la singularité : le Troisième Monde.
Le Major Motoko Kusanagi, à la tête de l’Unité 9, est chargée de mener l’enquête conjointement avec les services secrets américains. Arrivera-t-elle à stopper à temps le cyber-criminel ?